مسئولیت طراحی، مهندسی و پایش اجرای فرآیندها و ساز و کارها (براساس چشم‌انداز و اهداف طرح و نیز سیاست‌ها، اولویت‌ها و راهبردهای اجرایی شورای سیاست‌گذاری)، طراحی ساختار هزینه‌ای و بودجه‌بندی و ارزش‌سازی، برعهده کارگروه طراحی و کنترل فرآیندهاست. طراحی و کنترل فرآیندها با تکیه بر پتانسیل شرکت‌های دانش بنیان و واحدهای فناور صورت پذیرفته که نظارت بر مدیریت و اجرای فرآیندها و کنترل پروژه در کارگروه‌ها نیز برعهده آن‌ها است. همچنین این کارگروه متعهد است تا علاوه بر کنترل سایر کارگروه‌ها، گزارش‌های شفافیت مالی و شفافیت عملکردی را با نظارت کامل دبیرخانه اجرایی، با دبیرخانه سیاست‌گذاری به بحث گذاشته و پس از دریافت تأییدیه‌های لازم در صورت لزوم برای عموم مردم منتشر نماید.